蔣經國故去后，李登輝得宋楚瑜等人輔助，雖集大權于一身，然而根基未穩(wěn)。上世紀90年代初，為抗衡國民黨內外省籍元老及軍人勢力，李登輝引入本土派系，又開放地方選舉。然而，由于人物良莠不齊，致使國民黨快速腐化。所謂黑金政治，即由此而來。未幾，馬英九在國民黨十四全會上，批評該黨選風敗壞，時任黨主席的李登輝對其極為不滿。
在推動“憲制”改革的過程中，馬英九銜國民黨中央之命，推銷“總統(tǒng)”委任直選制———實為間接選舉制，更為此辦了數(shù)十場講解會。最后關頭，李登輝竟作180度大轉變，改采公民直接選舉制。馬英九十分錯愕，更向記者直言，以后他說的話，還有人相信嗎？在“總統(tǒng)”是間接選舉還是直接選舉的問題上，馬英九為國民黨，也可以說為李登輝背了反民主的黑鍋。直到此次“大選”，馬英九仍在被綠營質問其民主信仰。
馬英九觸怒李登輝
但此事并未影響馬英九作為國民黨內政治新星的地位。1993年，連戰(zhàn)組成“博士內閣”，因馬英九時望頗佳，遂以哈佛法學博士之資，接任“法務部長”。在“部長”任上，馬英九大力反賄選，所緝捕嫌疑人更以國民黨人士為主，海內外皆頗注目。
結果，馬英九觸怒了李登輝及相關利益者，最后黯然下臺，轉任“政務委員”的閑職。此后，臺灣治安日壞，多起嚴重兇殺案爆發(fā)，卻未見有政務官負責。白曉燕案后，馬英九辭去“政務委員”一職，稱“不知為何而戰(zhàn)”，從此掛官求去，后來在臺灣政治大學任教，似乎就此離開政壇。此舉使李登輝大動肝火。
2000年，國民黨因李登輝挑動連戰(zhàn)、宋楚瑜相爭，使陳水扁漁人得利。選前，諾貝爾獎得主、“中央研究院”院長李遠哲，呼吁各方支持陳水扁，希望民眾在向上提升與向下沉淪之間作出抉擇，已讓各界嗅出異樣。關鍵時刻，與李登輝關系密切的李遠哲登高一呼，被視為“棄連保扁以打宋”的大旗由李遠哲代替李登輝舉起。
