1950年3月17日，蔣擢升孫為陸軍總司令兼陸軍訓(xùn)練司令，三天后又加臺(tái)灣防衛(wèi)總司令，并許諾未來(lái)晉升其為三軍總參謀長(zhǎng)。一時(shí)間，孫立人成了蔣身邊炙手可熱的人物。但就在孫立人就任陸軍總司令的同時(shí)，掌控臺(tái)灣情治機(jī)關(guān)的蔣經(jīng)國(guó)已經(jīng)在蔣介石的授意下，將特務(wù)網(wǎng)絡(luò)滲透至陸軍總司令部。

　　 3月23日，就在孫立人被任命為陸軍總司令不到一周時(shí)間后，他的英文秘書(shū)黃正，以及黃正的姐姐陸軍訓(xùn)練總部干部黃玨，便被蔣經(jīng)國(guó)以莫須有的“泄露軍機(jī)”罪名逮捕，判刑十年。接著，孫立人的舊部屬李鴻、陳鳴人、彭克立等人也以“匪諜”罪被拘捕。

　　 6月底，朝鮮戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)，美第七艦隊(duì)協(xié)防臺(tái)灣。這對(duì)岌岌可危的蔣介石來(lái)說(shuō)，無(wú)疑是打了一劑強(qiáng)心針，臺(tái)灣安全可保，孫立人的作用大加削弱。

　　 1951年3月27日，蔣介石正式派遣蔣經(jīng)國(guó)進(jìn)駐陸軍總司令部，組建陸軍總司令部政治部，這等同于給孫立人派了一個(gè)監(jiān)軍。孫立人處處為蔣經(jīng)國(guó)掣肘，成了有名無(wú)實(shí)的陸軍總司令。

　　 孫立人長(zhǎng)期接受美式教育，而且個(gè)性孤高自傲，一貫不恥官場(chǎng)的相互傾軋、阿諛?lè)暧?，?duì)于蔣經(jīng)國(guó)的政工系統(tǒng)就更為厭惡。而且作為一個(gè)職業(yè)軍人，孫并沒(méi)有太多的政治權(quán)謀，不善協(xié)調(diào)各方關(guān)系，胸?zé)o城府，這也使他與蔣經(jīng)國(guó)及黃埔系將領(lǐng)關(guān)系日漸緊張。江南（劉宜良）在《蔣經(jīng)國(guó)傳》中提到：“孫是個(gè)非常優(yōu)秀的帶兵官，但是位很壞的領(lǐng)袖。講人際關(guān)系，他和他的同僚幾乎沒(méi)有人可以合得來(lái)。任陸軍總司令期間，每周軍事匯報(bào)，從來(lái)未準(zhǔn)時(shí)出席，其理由非?？尚Γ核辉赶蛑苤寥峥傞L(zhǎng)敬禮，遲到即可避免，因?yàn)榭偨y(tǒng)已經(jīng)在場(chǎng)。”甚至連蔣經(jīng)國(guó)向他拜年，他都不見(jiàn)。

　　郭案牽連 終遭罷黜

　　 及至1954年，“美臺(tái)共同防御條約”簽署，臺(tái)灣被正式納入美國(guó)在遠(yuǎn)東的防衛(wèi)圈中，臺(tái)灣的安全得到極大的鞏固。對(duì)于蔣介石來(lái)說(shuō)，此刻的孫立人不但沒(méi)有任何用處，相反還是威脅，盡管孫已經(jīng)沒(méi)有什么實(shí)權(quán)了。

　　 這一年6月，孫立人被調(diào)任“總統(tǒng)府”參軍長(zhǎng)，明升實(shí)貶，徹底被解除了兵權(quán)。然而這還并不意味著結(jié)束，一場(chǎng)更大的陰謀正在醞釀當(dāng)中。

　　 1955年5月25日，在蔣的授意下，毛人鳳將孫的舊部、步兵學(xué)校少校教官郭廷亮以“匪諜”為名逮捕，由此拉開(kāi)又一撥整肅高潮，一周之后，臺(tái)灣南部又爆發(fā)了所謂“兵諫案”。不到一個(gè)月的時(shí)間內(nèi)，被拘捕的孫立人的舊部達(dá)到300多人，意在通過(guò)這些下屬來(lái)尋找打擊孫立人的突破口。

　　 郭廷亮被捕4天后，蔣介石還故作無(wú)事地召見(jiàn)孫立人，據(jù)孫回憶：