大約在2000年底到2001年初，時任外經(jīng)貿(mào)部部長石廣生看中這位曾在國辦負(fù)責(zé)聯(lián)系外經(jīng)貿(mào)工作10多年，又已在基層經(jīng)貿(mào)部門歷練四五年的外貿(mào)“科班”，想把沈丹陽調(diào)到部里工作。但此時的廈門正值查處“遠(yuǎn)華走私案”后期，在全市干部人事“凍結(jié)”一年多，經(jīng)受住“考驗”之后，沈丹陽被列為擬在本市首批提拔使用的人選，必須再次聽從組織召喚，繼續(xù)留在廈門工作。

直到2003年3月，沈丹陽才調(diào)回北京。此時的外經(jīng)貿(mào)部已變成了新組建的商務(wù)部，沈丹陽出任商務(wù)部國際貿(mào)易經(jīng)濟(jì)合作研究院副院長。

“當(dāng)時有多個崗位可選，比如看起來與我在廈門從事多年的貿(mào)易投資促進(jìn)工作性質(zhì)更接近、收入也更高更洋氣的貿(mào)發(fā)局或其他司局，但我想我還是更喜歡也更適合搞研究，就去研究院擔(dān)任了副院長。”他回憶道，在研究院期間，最讓他引以為傲的，是自己曾作為經(jīng)濟(jì)社會學(xué)界9位專家之一，應(yīng)邀參加時任總理溫家寶主持的《政府工作報告》專家座談會?；貞涍^往，他每每覺得那是自己人生的高光時刻。

“那時候常常熬夜，因為要做課題、趕文稿，但過得很充實(shí)，可以做自己喜歡的研究，偶爾也會到北大、清華等高校講講課。研究的成果、發(fā)表的文章如果內(nèi)容足夠好，總理、副總理也能看到。”

仍然是因為組織上的需要，2008年底，他被調(diào)往商務(wù)部機(jī)關(guān)工作。先后出任商務(wù)部辦公廳副主任、商務(wù)部國際貿(mào)易談判代表秘書局局長、商務(wù)部政策研究室主任，最近六年則一直兼任商務(wù)部新聞發(fā)言人。

“我這些身份特點(diǎn)決定我少不了與熱點(diǎn)、焦點(diǎn)、難點(diǎn)政策問題打交道，當(dāng)然，大部分的研究都是部里或是中央安排下來的規(guī)定動作。”他描述道。

這些年，他有時感覺自己好像是這個部委大院的“旁觀者”和“局外人”，常常不自覺地從更宏觀或更接地氣的視角，用學(xué)者的眼光，來審視自己的工作。

在商務(wù)部工作的最后一年多時間里，他的新聞發(fā)言人工作量開始加倍：每個月一次的例行發(fā)布會，改成了每兩周一次、每周一次。

讓很多跑口記者印象最深的是，沈丹陽依然選擇按照最笨的辦法，與跑口記者定期溝通，提前與各個司局聯(lián)絡(luò)員開會碰情況，準(zhǔn)備新聞發(fā)布材料和口徑，結(jié)合臨場的提問，組織回答。