鳳山祖廟位于老街北側(cè)的鳳山上，為前后二進挑山琉璃瓦頂結(jié)構(gòu)。因建于鳳山斜坡，殿前堆高找平，形成高約一米多的長方形基座，后殿亦同此。入殿便須沿兩旁踏階拾級而升，中間形成類似陛的型制。前后殿通面寬21米總進深27米，總建筑面積共約567平方米，中間隔以寬暢的井式天庭。左右廡廊長約二丈余，寬七尺。廟前廣場榕傘高張，臨風舒展，兩側(cè)矗立著美輪美奐的日月亭，古樸而莊重，雍容華貴而不失典雅。

　　由集灌路而來，步過分路口的牌坊（山門），左拐上坡便進入廟門。門前廊下是兩道八級的石砌臺階，左右的石人石馬雕塑精湛，氣勢雄渾，是仿明清時的作品。廟門與前殿為一體，面闊五間進深三間（長約五丈寬約二丈）面積約一百余平方米，為石木結(jié)構(gòu)大硬山式。辟有中門與兩邊門，前檐為花崗巖石柱托起，中二柱為雕龍柱，邊二為勒線圓柱，均為八角墩形輝綠巖柱礎(chǔ)。門楹門額也均采用泉州白石材，用料考究。中門旁的青石獅及邊門旁的青石門鼓上，皆鐫有浮雕紋飾，造型洗練精美。屋頂中脊、規(guī)帶及檐角懸魚處，以剪粘法塑造出故事人物、翎毛花草，與飛檐翹角上的騰龍翔鳳映襯著碧綠的琉璃瓦，更顯雜彩紛陳，美不勝收。

　　值得一提的，是前殿正面墻上鑲嵌著大小不一的浮雕，皆工藝精致，鏤雕細膩，計20幅。其中尤以中門邊的青石花窗別具特色，顯系明末清初的工藝，自有一種古樸的風格。此花窗并列于中門左右，上下各二堵，為方形石刻浮雕，藉由透雕螭紋聯(lián)結(jié)。窗中圖案描繪了李冰父子應蜀中耆老懇請斬蛟建堰，造福蜀郡人民的故事，正面突出了所奉神祗的豐功偉績。從而點明了灌口鳳山祖廟與四川灌江口“二王廟”的淵源，恰如畫龍點睛。他如“蟾宮折桂，獨占鰲頭”，“王母乘鸞，麻姑獻壽”以及駿馬奔鹿、花卉翎毛、騰龍舞鳳等吉祥雕塑圖案，均場景真切，人物如生，為古代閩南石雕的精品，折射出明清時期的雕塑藝術(shù)水平。

　　前后殿之間的方形石埕天井，主要起采光和泄水的作用，簡潔明快，中間及兩邊的廊廡有臺階直上后殿即大殿。后殿為光緒己亥年由印尼華僑黃志信捐銀元七千元重修，民國十八年緬甸仰光華僑公會又捐資續(xù)修。這里還有一段塵封的故事。