臺(tái)當(dāng)局和李博士完全不能接受管爺，因?yàn)楣苤虚h的政治立場(chǎng)偏藍(lán)，他還做過馬英九的“部長(zhǎng)”。李先生支持的“中研院”派候選人落選，他氣不憤就說管中閔“非一流”，其實(shí)管爺也是一位“中研院院士”，李前院長(zhǎng)這樣子說人家，豈不是連帶著把他自以為傲的“中研院”也貶低了？
1994年李登輝邀請(qǐng)李遠(yuǎn)哲回臺(tái)，借重他“諾貝爾獎(jiǎng)得主”光環(huán)，主掌“ 中央研究院”，并負(fù)責(zé)臺(tái)灣的全面教育改革，自此李遠(yuǎn)哲成為臺(tái)灣的“教育沙皇”。二十多年后，臺(tái)灣的教育改革結(jié)果慘不忍睹，全臺(tái)有169 所大學(xué)，很多水平不高，畢業(yè)生學(xué)無專長(zhǎng)，出路困難。“中央研究院”本來是作純學(xué)術(shù)研究的機(jī)構(gòu)，李遠(yuǎn)哲擔(dān)任“院長(zhǎng)”之后，因?yàn)樗墓猸h(huán)亮，加上“政治正確”，“中研院”的年預(yù)算從30億臺(tái)幣增加到150億。設(shè)立了形形色色的“研究中心”，大搞所謂的“產(chǎn)學(xué)合作”。將“中研院”的研究帶往實(shí)用方向，較著重于技術(shù)轉(zhuǎn)讓和生產(chǎn)，“垃圾論文”增多了；之后發(fā)生繼任“中研院”院長(zhǎng)涉案開制藥公司、內(nèi)線交易股票的事。
臺(tái)灣大學(xué)教授林火旺撰文批評(píng)李遠(yuǎn)哲：“李遠(yuǎn)哲用諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)的光環(huán)不斷干涉其他領(lǐng)域，人們以為獲得諾貝爾獎(jiǎng)的人主張什么都是對(duì)的，這種‘謬誤邏輯’的專有名稱是‘訴諸不合格權(quán)威的謬誤’，他把自己當(dāng)成各方面的權(quán)威人士，其實(shí)是不合格的。”
林教授說：“臺(tái)大最被肯定的校長(zhǎng)是傅斯年，并不是因?yàn)樗膶W(xué)術(shù)研究杰出，而是傅校的長(zhǎng)胸襟與格局受到肯定。品德優(yōu)先于學(xué)業(yè)，臺(tái)大校長(zhǎng)應(yīng)該也要具備讓臺(tái)大人畢業(yè)后在社會(huì)對(duì)人類有些貢獻(xiàn)，找一個(gè)有名無品的人當(dāng)校長(zhǎng)，這種功利迷思是李遠(yuǎn)哲者流心中的一流校長(zhǎng)，但不是我心中的理想校長(zhǎng)。”
林火旺教授呼吁：“學(xué)化學(xué)的人不要介入自己不懂的領(lǐng)域，還擺出一副下指導(dǎo)棋的模樣，如果連最起碼的職業(yè)倫理都不懂，就是學(xué)術(shù)的巨人、品格的侏儒，令人瞧不起！” (馬淑靜 曾任臺(tái)灣美商美林證券公司總裁)
