在協(xié)議中，確定了彼此遣返交接地點(diǎn)：雙方商定為馬尾—馬祖（馬祖—馬尾），但依被遣返人員的原居地分布情況及氣候、海象等因素，雙方得協(xié)議另?yè)?a target="_blank">廈門—金門（金門—廈門）。
協(xié)議規(guī)范了遣返程序：（一）一方應(yīng)將被遣返人員的有關(guān)資料通知對(duì)方，對(duì)方應(yīng)于二十日內(nèi)核查答復(fù)，并按商定時(shí)間、地點(diǎn)遣返交接。如核查對(duì)象有疑問(wèn)者，亦應(yīng)通知對(duì)方以便復(fù)查。（二）遣返交接雙方均用紅十字專用船，并用民用船只在約定地點(diǎn)引導(dǎo)。遣返船、引導(dǎo)船均懸掛白底紅十字旗（不掛其它旗幟，不使用其他的標(biāo)志）。（三）遣返交接時(shí)，應(yīng)由雙方事先約定的代表二方簽署交接見(jiàn)證書(shū)。
9月12日上午，雙方達(dá)成協(xié)議。9月19日10時(shí)，陳長(zhǎng)文在臺(tái)北召開(kāi)發(fā)布會(huì)，對(duì)外公布了兩岸商談達(dá)成的協(xié)議。新華社也在同一時(shí)間發(fā)布了《海峽兩岸紅十字會(huì)組織在金門商談達(dá)成有關(guān)海上遣返協(xié)議》。
這是1949年后兩岸民間團(tuán)體受權(quán)簽訂的第一個(gè)書(shū)面協(xié)議，是兩岸民間團(tuán)體以事務(wù)性商談的方式解決法律事務(wù)問(wèn)題的有益嘗試，堪稱兩岸協(xié)商的“破冰”。同年10月8日，第一批55名偷渡人員從馬祖順利遣返至馬尾。從某種意義上說(shuō)，早在1990年，兩岸間實(shí)現(xiàn)了直航。
尾聲：新竹收容所走入歷史
這里不得不提“靖廬”，也就是新竹收容所。它原是1917年為紀(jì)念日本皇族北白川宮能久親王而建。1957年在此設(shè)立“新竹警備分區(qū)指揮部”，之后由臺(tái)灣入出境管理部門接收，成立了“大陸地區(qū)人民處理中心”。大陸偷渡客根據(jù)《金門協(xié)議》被遣返前，最后一站就是這“靖廬”。
時(shí)光荏苒。隨著兩岸經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)生劇變，大陸偷渡客日漸減少，于是收容所主要收容外籍偷渡者。這幾年，就連外籍偷渡者也減少了。
今年10月25日，成立于1992年的新竹收容所熄燈吹號(hào)，關(guān)門歇業(yè)，走入歷史。它從側(cè)面也反映了這20多年來(lái)，兩岸實(shí)力的此長(zhǎng)彼消。
