于是，故宮博物院南京分院、中央博物院籌備處、中央圖書館、中央研究院歷史語言研究所、外交部檔案室等五機(jī)關(guān)聯(lián)合組成統(tǒng)一機(jī)構(gòu)，將所藏的珍貴文物、圖書和歷史檔案、外交檔卷等裝箱運(yùn)往臺灣。本次遷運(yùn)，由教育部次長、故宮博物院理事會秘書、中央博物院籌備處主任杭立武全權(quán)指揮。

　　待一切準(zhǔn)備就緒，由蔣介石特批，海軍司令部派來“中鼎”號運(yùn)輸艦與一個排的官兵協(xié)助裝運(yùn)。此時整個國統(tǒng)區(qū)已是人心惶惶，流言四起，慌亂無計，紛紛設(shè)法出逃。據(jù)當(dāng)時參加裝運(yùn)的南京故宮博物院人員那志良回憶說：“海軍部人員聽說有船開往臺灣，大家攜家?guī)Ь鞄Я诵欣?，趕來搭便船，船上擠滿了人。我們覺得對文物安全是有問題的，由杭立武先生找來海軍司令桂永清解決這事。他上了船，百般勸慰，說另有船疏散眷屬，他們才相繼下船?！贝舜惭b運(yùn)五家機(jī)構(gòu)運(yùn)來的古物、標(biāo)本、儀器、歷史檔案、外交文書等772箱，由李濟(jì)擔(dān)任押運(yùn)官，全程負(fù)責(zé)運(yùn)輸、裝卸事宜。這時的李濟(jì)已辭卻中央博物院籌備處主任之職，以故宮博物院理事與史語所考古組主任的身份擔(dān)負(fù)這份重任。在搬遷之前，中共方面已得到消息，急派中共地下黨員、李濟(jì)的一個學(xué)生出面勸阻，但李并未聽從，并告訴對方：“保護(hù)這批古物是我的職責(zé)，自盧溝橋事變之后，我已護(hù)送這批珍寶跋涉了大半個中國，終得以保全?，F(xiàn)在我同樣不能眼看著祖宗留下的國寶毀于戰(zhàn)火。國共之戰(zhàn)我管不了，但如果我能保全這批文物而撒手不管，是為不忠不孝，同樣對不起后世子孫。”