在訪菲最后一天，杜特爾特按計劃訪問橫濱，登上了日本海上保安廳大型巡視船“伊豆”號，參觀海上保安官用高速橡皮艇堵截非法船只，以及用直升機營救溺水者的訓(xùn)練。在觀摩訓(xùn)練后的新聞發(fā)布會上，杜特爾特表示，“今后(菲律賓)和日方舉行聯(lián)合訓(xùn)練，基本上是沒有問題的”。但他話鋒一轉(zhuǎn)說：“和美國的話就有問題了。”法新社稱，杜特爾特當(dāng)天還對記者透露，日本首相安倍26日與他會談時，要求他就批評美國的話做說明。他回應(yīng)說“那只是一些詞語，為什么那么看重它們”。不過杜特爾特說，他隨后對安倍重申，華盛頓不公平地向菲提出了人權(quán)質(zhì)疑，把菲律賓當(dāng)成“拴著鏈子的狗”。

　　杜特爾特26日在東京對日本商界領(lǐng)袖表示，他希望美國軍隊兩年內(nèi)離開菲律賓。美國有線電視新聞網(wǎng)(CNN)稱，25日啟程訪日時，杜特爾特在馬尼拉的機場表示，菲美關(guān)系結(jié)束了。針對杜特爾特訪日期間的發(fā)言，白宮發(fā)言人歐內(nèi)斯特26日表示，美國尚未聽到菲官方任何有關(guān)改變兩國盟友關(guān)系的言論?！斗坡少e星報》27日稱，美國駐菲大使戈德堡提醒說，在亞太地區(qū)，菲律賓仍是美國軍事援助的最大受益者，僅2015年該國就接受了6600萬美元的軍事資助用來購買國防裝備。戈德堡說，美菲關(guān)系基礎(chǔ)“非常強大和堅固”，但杜特爾特針對美國的侮辱和褻瀆性言論可能引起兩國關(guān)系的不確定性。

　　美國《基督教科學(xué)箴言報》27日稱，反復(fù)無常的杜特爾特和前景不明的跨太平洋伙伴關(guān)系協(xié)定(TPP)已成為威脅美國總統(tǒng)奧巴馬“重返亞太”戰(zhàn)略的兩大攔路石。日本《朝日新聞》27日稱，日本政府特別“厚待”杜特爾特，避免提及受到歐美詬病的菲“人權(quán)問題”。在美菲關(guān)系冰河期，日本要維系與菲律賓的友誼，扮演調(diào)停美菲關(guān)系、牽制中國的角色。日本共同社稱，早在杜特爾特上臺前，日方外交官員就頻繁拜會他，邀請他參加活動，為使他成為“親日總統(tǒng)”進行外交布局。據(jù)外務(wù)省官員的說法，日本外相岸田文雄25日晚不惜冒雨站在東京料理店門口等候杜特爾特多時，是因為“菲是對華戰(zhàn)略的關(guān)鍵，無論如何都要把菲方留在日美陣營里”。但杜特爾特強烈的反美意識“打亂了日本構(gòu)筑對華包圍網(wǎng)的計劃”。

　　此次杜特爾特訪日，日本政府還不斷引入南海話題。有日本政府官員對日媒透露，杜特爾特訪日期間，日菲就尊重南海仲裁案裁決結(jié)果達成共識。對此，中國外交部發(fā)言人陸慷27日表示，杜特爾特總統(tǒng)訪問日本期間作出的公開表態(tài)與訪華期間表態(tài)的精神是總體一致的。我想，準確理解菲律賓政府的立場，還是聽一聽菲律賓領(lǐng)導(dǎo)人本人的表態(tài)更加可信些。陸慷說，當(dāng)前，在中國與包括菲律賓在內(nèi)的有關(guān)各方共同努力下，南海局勢正在朝著緩和、積極的方向發(fā)展，有關(guān)各方也正在為通過對話協(xié)商妥善處理南海問題而共同努力，這是地區(qū)絕大多數(shù)國家的共同感受和期待。如果還有個別國家抱著一些不切實際的幻想，我們勸他還是趁早丟掉吧。

　　有美國媒體報道說，杜特爾特訪日期間與日本簽署了軍事和經(jīng)濟協(xié)議，此前日本已對菲出售10艘巡邏艇。中國國防部新聞發(fā)言人吳謙上校27日回應(yīng)《環(huán)球時報》記者提問時說，“我們一貫主張有關(guān)國家之間的軍事合作不應(yīng)針對第三方，不應(yīng)損害地區(qū)和平與穩(wěn)定。需要指出的是，域外國家不應(yīng)插手地區(qū)事務(wù)，要多做地區(qū)和平的維護者，而不是攪局者。”