SADS冠狀病毒導致疫情

　　基于SADS是一種未知病毒引起的新疫情這點假設，研究團隊開始正式解謎。

　　研究團隊從患病仔豬小腸中收集樣本，用高通量測序技術來進行宏基因組學分析。最終發(fā)現(xiàn)，SADS冠狀病毒和蝙蝠冠狀病毒HKU2序列匹配。通過重新組裝，研究團隊獲得了27173bp的SADS冠狀病毒基因，和HKU2冠狀病毒有95%的序列一致性。HKU2首先發(fā)現(xiàn)于在香港和廣東的中華菊頭蝠中。

　　研究團隊發(fā)現(xiàn)，在4個養(yǎng)豬場的急性病仔豬和母豬身上均檢測到了SADS冠狀病毒，在恢復或健康的豬身上則沒有，在附近沒有SADS跡象的養(yǎng)豬場里也沒有檢測到。

　　回顧性PCR分析顯示，在PEDV爆發(fā)的時候，A農(nóng)場里還同時存在SADS冠狀病毒，該農(nóng)場里于2016年12月提取的第一個樣本表現(xiàn)出SADS冠狀病毒強陽性。但從2017年1月中旬開始，SADS冠狀病毒成為了病豬里檢測到的主要病毒。

　　研究團隊認為，在PEDV感染完全檢測不到后出現(xiàn)了仔豬的大規(guī)模死亡這一事實，暗示是SADS冠狀病毒引起了豬的致命感染，是那些大規(guī)模疫情爆發(fā)的真正原因，PEDV則不是直接因素。

　　在SADS爆發(fā)高峰期、以及爆發(fā)后期，4個養(yǎng)豬場里都沒有檢測到PEDV和其他一直的豬腹瀉病毒的存在，這些都支持了上述結論。

　　來源于菊頭蝠

　　值得注意的是，盡管如前所述，SADS冠狀病毒和 HKU2冠狀病毒全基因組的一致性達到95%，但刺突蛋白基因序列的一致性僅86%。

　　刺突蛋白是什么？周鵬對澎湃新聞解釋，“冠狀病毒都是用刺突蛋白來入侵細胞，就像‘鑰匙’和‘鎖’一樣，它依賴于刺突蛋白和細胞表面的受體結合，然后才能進入細胞，成功感染，但如果這個刺突蛋白變異很大的話，它就不能利用受體了。”

　　周鵬強調，“基于這樣的原因， 86%一致性這樣的數(shù)據(jù)，我們認為SADS冠狀病毒和 HKU2冠狀病毒關系還不是最直接的。我們之前有做SARS經(jīng)驗，最終發(fā)現(xiàn)跟SARS的刺突蛋白一致性達到97%、98%這個樣子，才能夠直接利用人的受體，感染成功。”

　　基于這個理論，研究團隊繼續(xù)找其他來源于蝙蝠的冠狀病毒。

　　研究團隊隨后篩選了團隊在2013年至2016年從廣東省的7個不同地點采集的591個蝙蝠肛門拭子。肛門拭子即用棉簽在蝙蝠的肛門處掏一下，而取樣時間則一般在每年的春季和秋季。

　　團隊篩選后發(fā)現(xiàn)，58(9.8%)個蝙蝠肛門拭子樣本顯示出陽性，且都來源于中華菊頭蝠。菊頭蝠因有結構復雜的馬蹄形鼻葉而得名，也是SARS等許多動物源病毒的重要宿主。

　　高通量測序則得出，這種來源于中華菊頭蝠中的冠狀病毒(暫時稱“SADSr冠狀病毒”)和SADS冠狀病毒在大小(27.2kb)上近似，總體序列一致性在96%-98%之間。

　　更重要的是，兩者刺突蛋白(樣本分別為162149和141388)的序列一致性超過了98%。

　　周鵬提到，“我們目前的結論是，后來在蝙蝠中發(fā)現(xiàn)SADSr冠狀病毒可能是病豬中發(fā)現(xiàn)的這個新病毒SADS冠狀病毒的祖先，但同樣直接來源于蝙蝠中的HKU2冠狀病毒和SADSr冠狀病毒可能來源于一個祖先。”

　　石正麗還提到，團隊在豬場周圍確實發(fā)現(xiàn)，有蝙蝠在豬場周圍飛翔。“這些豬場感覺是比較新建的，它的位置是在城外，旁邊就是一個小山丘，我們認為這個小山丘附近是有蝙蝠棲息地的。所以很明顯這個傳播途徑就是通過糞便污染豬場的環(huán)境，最后污染到豬。”

　　不過，周鵬同時提到，“盡管我們認為SADS冠狀病毒是一種完全新型的病毒，但現(xiàn)在有一個困難是我們還沒有鑒定出這種新型蛋白它的受體是什么，所以還不好這樣說。”