2004年邱毅再度當選連任民代，同年的臺灣地區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人選舉，因選前“3.19槍擊案”，國民黨“連宋配”以微小差距落敗。選舉結(jié)束當晚，因懷疑民進黨操縱選舉，泛藍支持者在全臺灣各地集結(jié)，邱毅也帶領(lǐng)支持者，到高雄地方法院門前要求驗票，并指揮貨車沖撞高雄地方法院，邱毅因此被網(wǎng)友稱為“沖車大將軍”。
2005年，宋楚瑜與陳水扁的“扁宋會”登場，邱毅因為堅決反對扁宋合作退出親民黨，并于2006年1月在國民黨榮譽主席連戰(zhàn)、臺立法機構(gòu)負責人王金平等人的推薦下，加入中國國民黨。期間邱毅因為成功揭發(fā)陳水扁家系列弊案，成為臺灣政壇的“揭弊天王”，名聲大噪，也成了“民進黨最害怕的人”。
2008年邱毅被提名為國民黨不分區(qū)民代，此后邱毅還出任過國民黨第十八屆第一任中央常務(wù)委員、第十九屆中央委員。
2016年，邱毅獲新黨提名為不分區(qū)民代候選人，名列第二，但最終因新黨政黨票未跨越5％的門檻，無緣進入臺立法機構(gòu)。2019年11月13日，國民黨中常會通過2020選舉不分區(qū)民代建議名單，邱毅名列第八。但因為他一貫支持兩岸統(tǒng)一的立場，民進黨網(wǎng)軍對他發(fā)起了排山倒海的攻擊，再加上國民黨內(nèi)部也有人附和綠營的所謂“倒邱”言論，邱毅主動宣布退出。
