據(jù)臺灣媒體報(bào)道，今年八月林全“內(nèi)閣”敲定，新設(shè)機(jī)關(guān)“海洋事務(wù)委員會”明年四月將于高雄成立，“海巡署”改隸其下，由二級降為三級機(jī)關(guān)，近來已引起署內(nèi)恐慌。“海巡署”內(nèi)部官員坦承，如果臺當(dāng)局沒有充分配套措施，高階官員低占職缺“一層壓一層”的情況將十分嚴(yán)重，部分中低職等官員可能十幾年升不了官，對士氣的打擊相當(dāng)嚴(yán)重。

據(jù)報(bào)道，“海巡署”人員透露，同仁們今年底之前，會被要求填寫意愿書，詢問是否愿意轉(zhuǎn)往新成立的“海洋委員會”任職。但是如果南下“海洋委員會”，當(dāng)局并不安排宿舍，必須自行在高雄尋覓住處。

投訴人向臺媒指出，配合“海巡署”降編，主管員額就會減少，未來大多數(shù)簡任官恐都將離開主管職，甚至目前傳出，連薦任科長也將大減六十幾個，只能降為編審或?qū)T。他們的本俸雖不至于受影響，但將因此無法領(lǐng)取主管加給，而且對于有嚴(yán)格退伍年限的軍職人員而言，更等于未來升遷無望，因此提前報(bào)退的人數(shù)明顯增加。

“海巡署”官員則舉例，目前“海巡署”轄下的“海洋巡防總局長”與“海岸巡防總局長”都是十三職等，未來十三職等的缺只有“副署長”一職，目前“副署長”已有人擔(dān)任，兩個“總局長”只能先以十三職等官階，去占只有十二職等幕僚參事缺，等到未來“副署長”高升或退休再遞補(bǔ)。

同樣的道理，“海巡署主秘”一職原本是十二職等，改制后主秘可能會以十二職等先占十一職等的專門委員等職缺，結(jié)果是高階先占較低階位置，較低官員再占更低階位置，一層壓一層，未來要等到上頭的高階官員消化官位完畢后，基層官員才能往上升遷。

因此，內(nèi)部官員指出，目前“海巡署”內(nèi)部最關(guān)心的就是希望“海委會”將來成立后，是否能有位置讓“海巡署”官員過去；另外“海委會”未來除“海巡署”外，還會有“海洋保育署”，“海保署”是否也有職缺可容納“海巡署”官員，成為“海巡署”內(nèi)部期盼的方向。

“海巡署”正向“行政院”爭取，是否可以在未來“海巡署”中增設(shè)處級單位，這樣十二職等的一級主管就有位置可以容納，但目前只有調(diào)查局設(shè)處級單位，連“警政署”都只設(shè)十一職等的組級單位，未來是否能增設(shè)處級，“海巡署”沒有把握。