互斗起點(diǎn)：深綠為護(hù)陳水扁列“11寇”名單 “新系”7人入選
2006年底至2007年初，臺(tái)灣地區(qū)前領(lǐng)導(dǎo)人陳水扁執(zhí)政陷入低潮，深綠為了護(hù)扁列出“11寇”“立委”名單，包括李文忠、林濁水、洪奇昌、段宜康、沈發(fā)惠、蔡其昌、林樹山、郭正亮、鄭運(yùn)鵬、羅文嘉和沈富雄，其中“新潮流系”就含7人。深綠認(rèn)為，這11人因批評(píng)黨內(nèi)而可能在全民調(diào)上獲得優(yōu)勢(shì)，因此要求初選必須采取“排藍(lán)民調(diào)”。
隨后深綠將名單送交當(dāng)時(shí)擔(dān)任民進(jìn)黨主席的游錫堃，要求這11人不得參與2008年“立委”選舉，彼時(shí)執(zhí)行的黨秘書長就是林佳龍，最后“7寇”或被擠出不分區(qū)“立委”安全名單或區(qū)域“立委”初選落敗，兩派系之間就此種下心結(jié)。
矛盾初現(xiàn)：2012年賴清德公開教訓(xùn)新科議員陳怡珍
賴清德在當(dāng)選第一任臺(tái)南市長后，民進(jìn)黨“立委”陳亭妃的妹妹陳怡珍也同年當(dāng)選臺(tái)南市議員。2012年陳怡珍在質(zhì)詢市府官員時(shí)卻遭賴清德出言指正，要求其對(duì)市府局處首長客氣一點(diǎn)，還說“你姐姐將來也可能當(dāng)市長，要學(xué)會(huì)尊重市府局處首長，新科議員問政要多注意”，當(dāng)時(shí)場面相當(dāng)尷尬。事后三天，雖然賴清德在議會(huì)為自己的言語不當(dāng)公開表達(dá)了歉意，但由于陳亭妃屬“正國會(huì)”，賴則屬“新潮流系”，故而此番行為還是引發(fā)了外界對(duì)雙方矛盾的諸多猜測(cè)。
暗流涌動(dòng)：2014年臺(tái)南市議長選舉賴清德疑遭“暗算”
2014年，民進(jìn)黨在地方選舉大獲全勝，更史無前例的拿下13個(gè)縣市，臺(tái)南市長賴清德甚至獲得72.9%得票率、連任成功，但議長選舉卻因民進(jìn)黨議員跑票而讓國民黨市議員李全教意外當(dāng)選，賴清德因此不得進(jìn)議會(huì)，引發(fā)了嚴(yán)重的府會(huì)對(duì)立不說，甚至遭“監(jiān)察院”彈劾。好在來年8月時(shí)，李因賄選被定案“當(dāng)選無效”，賴這才宣布進(jìn)入市議會(huì)施政報(bào)告。
而當(dāng)時(shí)臺(tái)南市議長選舉的督導(dǎo)正是屬“正國會(huì)”的“立委”陳亭妃，于是黨內(nèi)開始有“陳亭妃督導(dǎo)不力”的聲音，陳甚至被指為“幕后操盤手”，對(duì)此陳亭妃不得不聲淚俱下地喊冤，甚至還為此辭去了中常委的職務(wù)，她一邊強(qiáng)調(diào)自己絕對(duì)沒有愧對(duì)民進(jìn)黨，一邊又表示是議長選情詭譎，才會(huì)讓投票過程大亂，甚至天外飛來白板，她也是相當(dāng)難過痛苦的。
