1949年1月，根據(jù)傅作義對戰(zhàn)和仍不明朗的態(tài)度，解放軍一舉攻克天津，切斷了傅作義海上逃跑的路線。10日，閻又文又接到王玉發(fā)來的指示：迅速了解傅作義的動向。閻認(rèn)為傅作義的動向可能是：一、南逃會蔣，在長江一線駐軍；二、往西線而去，投靠西北馬家軍；三、固守北平，與林彪部隊(duì)決戰(zhàn)于此。不過，傅猶疑不決，決心難下。此時，閻又文力勸傅，其部非蔣嫡系，投靠蔣絕非上策；如與西北馬家軍會合，如今北平已被共軍百萬大軍所包圍，此路顯然不通；與林彪決戰(zhàn)，則分明是絕路，況且北平這座文化古城將遭到毀滅性破壞，敵我雙方都將成為千古罪人。那么，不妨尋找第四條出路，與城外的共產(chǎn)黨談判，尋找轉(zhuǎn)機(jī)。傅作義對此仍猶疑不定。在此間隙，根據(jù)上級指示，閻又文配合各路人馬，如鄧寶珊、傅冬菊、劉厚同、何思源、杜任之等，對傅作義展開攻心戰(zhàn)，終于使傅作義決定派代表與中共和談。

　　隨即，閻又文代表傅作義參與雙方的和談。1948年12月25日，在傅作義戰(zhàn)與和尚不明朗的時候，新華社公開宣布了一份以蔣介石為首的43名國民黨頭等戰(zhàn)犯的名單，其中有傅作義的名字。對此，傅作義心里十分在意。此時，閻又文對傅作義進(jìn)行了許多勸導(dǎo)工作。他說這是“周瑜打黃蓋”，即“蔣介石對你不率部南撤肯定會生疑，而華北丟了再去南方，蔣不會饒過你。共產(chǎn)黨正在和我們和談，這時把你和蔣綁在一起，應(yīng)該是為了解除蔣的懷疑”。果然，中共密使很快轉(zhuǎn)來了一封毛澤東親擬的電報，電報告訴傅作義：“我們這樣一宣布，你在蔣和蔣的部隊(duì)面前地位加強(qiáng)了。你可表示堅(jiān)決打下去、別無出路，暗里和我們談好，和平解放北平。”

　　于是解開了傅作義的心結(jié)，雙方的秘密和談重新開始。閻又文受命作為談判代表，對談判過程進(jìn)行了詳細(xì)記錄。回到北平后，他把與葉劍英的談話記錄交給傅，傅看后沉思良久，說：“看起來，事到如今，只有放下武器這條出路了。”

　　1949年1月22日，閻又文以華北“剿匪”總司令部政工處副處長的身份，在中山公園水榭舉行了最后一場中外記者招待會。他代表傅作義宣讀了《關(guān)于北平和平解決問題的協(xié)議書》，以及傅作義的文告。此后的1月31日，北平宣告和平解放。2月2日，傅作義偕鄧寶珊、閻又文赴西柏坡拜會毛澤東。在那里，閻又文第一次見到了自己的直接上級領(lǐng)導(dǎo)羅青長，并正式恢復(fù)了自己的組織關(guān)系。不過，當(dāng)時他的真實(shí)身份仍未公開，仍繼續(xù)協(xié)助完成傅作義部隊(duì)的改編和綏遠(yuǎn)和平起義的工作。

　　新中國成立后，閻又文隨傅作義部隊(duì)接受改編。此后，他由水利部部長傅作義點(diǎn)名，調(diào)任水利部辦公廳主任。再后，又任水利部農(nóng)田水利局副局長。不過，按照組織的安排，閻又文的真實(shí)身份仍然沒有公開。

　　1961年，閻又文奉命調(diào)至農(nóng)業(yè)部，曾任糧油生產(chǎn)局局長。其時正值全國饑荒，主管糧食生產(chǎn)的閻又文，其壓力可想而知。由于他常年在全國各地奔波，終積勞成疾，于1962年9月25日逝世。